Le Service économique et financier, de la qualité et du patrimoine seconde le Directeur général dans différents domaines :

 - la mise au point et le suivi des budgets prévisionnels annuels,
 - l'élaboration du compte de l'année écoulée,
 - la réalisation du plan d'investissement et le contrôle des investissements,
 - la gestion des marchés publics,
 - la prise en charge des dépenses et des recettes,
 - la gestion des stocks (mouvements des entrées et des sorties).

- la démarche qualité dans l'Établissement,
- la gestion et l'entretien du patrimoine mobilier et immobilier.

 En ce qui concerne la comptabilité, le principe de la comptabilité publique rend incompatible la fonction d'ordonnateur et de comptable. Aussi, l'ordonnateur est le Directeur général d'ETAPES et le comptable un agent du Trésor public, en l'occurrence le Trésorier principal de Dole. La Comptabilité ETAPES prend en charge le seul ordonnancement des dépenses et des recettes de l'Établissement. Les opérations sont donc toutes soumises à un double contrôle, ce qui garantit la sécurité et l'utilisation des fonds publics. Les missions essentielles de la comptabilité sont :

 - la gestion des dépenses, liquidation et mandatement des factures suite aux engagements effectués par les Centres,
 - la gestion des recettes, facturation établie d'après les journées réalisées, en liaison avec les différents financeurs et après avoir obtenu les prises en charge administratives qui découlent du mode d'admission (selon orientation CDAPH),
 - le suivi des immobilisations et des emprunts,
 - le contrôle budgétaire a posteriori,
 - la production des documents nécessaires à l'élaboration du compte administratif annuel, en liaison avec la Trésorerie Principale.